配套建設尾水凈化區，面積占池塘面積8%以上，做到養殖尾水達標排放和循環利用。按功能分為三級凈化區域。其中一級凈化區采用排水溝，作為初級沉淀池，初步沉淀養殖尾水中的大顆粒有機物，溝內需種植一些水生植物，如鳳眼蓮、水花生等，覆蓋面積為水面的30%～50%；二級凈化區即池塘尾水凈化池，平均水深1.5m。主要功能為承接排水溝的養殖尾水。采用U型渠模式延長凈化時間，利用生物膜載體、種草、投螺、放養濾食性魚類加強凈化效果；三級凈化區為周邊內部河道，主要承接二級凈化區來水，進行深度凈化。兩岸栽種蘆葦、蒲草、再力花等挺水植物，深水區投放螺螄、花白鰱，可放養少量青蝦。建立起具備三級凈化功能的生態濕地系統，對氮磷等有機物進行降解。
根據蘇州大學為期一年的水質監測結果顯示，池塘及尾水氨氮水平全面達到國家Ⅱ類水標準（指標值0.5mg/L，優于太湖一級排放標準）；總氮經凈化后平均指標為0.52mg/L，優于外水環境0.69mg/L（符合地表水三類水質標準，優于太湖一級排放標準），顯示有減氮效果；總磷凈化后平均值為0.05mg/L，優于外水環境0.069mg/L（符合地表水二類水質標準，優于太湖一級排放標準）。
養殖基地符合《綠色食品產地環境質量》（NY/T 391）規定，建有獨立進、排水系統，設有尾水處理區域。水源充足、無污染，符合《漁業水質標準》（GB 11607）要求。
